白晓慧教授于2002年1月入职生命科学技术学院，当年开始承担教学工作，坚持生物工程教学一线24年。近三年主要承担《自然科学基础》、《生物工程设备与设计》和《水质微生物学与过程控制》课程。编写了教育部规划教材《生态工程原理及应用》。教学对象贯穿大一至大四至研究生，教学效果受到学生好评。
白晓慧教授牢记“立德树人”根本，除长年坚持较繁重的一线教学任务外，还从2018年起担任生物工程系的教学系主任，为生物工程专业建设和教学管理付出不懈努力。2021年学院决定开始准备生物工程专业认证，2022年6月组织了专家认证。期间白晓慧教授从参与材料准备到教师专项培训，倾注了大量时间和精力，为工程专业认证顺利通过付出了努力。同时，作为系里的教学负责人，肩负着专业培养计划修订和繁重的各类学生过程管理任务，不仅要及时组织，还要投入大量时间参与其中。为保障生物工程专业科学育人做出了积极贡献。生物工程专业实习一直由学院教学实验中心何丽明老师负责。近年在学院的积极协调下，我国知名白酒制造企业江苏今世缘酒业公司设立了我院生物工程专业实习基地，并提供了良好的实习环境，但如何优化实习内容，实现生物工程专业学生工程设计与工艺管理能力提升，有效消化吸收教师平时教学内容，随着两年实习实践，已成为必须尽快解决的问题。在学院蒋群教学副院长的关心下和交大苏北研究院高立志院长的大力支持下，白晓慧教授邀请本系胡洪波教授和学校教务处张婷婷主任，学院教务办副主任（主持工作）李芳老师一起赶赴江苏淮安，实地考察并与企业深入讨论形成优化方案供后续学生执行，有效提高了生物工程专业实践育人质量。此外，生物工程专业每年都有个别落伍学生在毕设环节碰到各种问题影响其毕设正常开展，白晓慧教授都会积极协调专业教师或自己中途承担起学生的继续培养工作，为学生顺利完成学业，重拾学习信心做出努力。
白晓慧教授作为课题组负责人，秉持“持之以恒，久久为功”理念，20多年始终坚持饮用水水质微生物学与过程控制研究方向，与上海市供水行业和供水企业开展深度合作，围绕供水行业行业技术发展存在的瓶颈问题和国家重大需求开展科学研究。期间主持国家自然科学基金项目2项，国家重大科技水专项2项，上海市科委重点项目3项，企业横向课题40余项，在《Water Research》等专业期刊发表科技论文117篇，制定地方标准团体标准5项，授权发明专利6项，研究成果推动了上海市供水水质改善和技术进步，获上海市水务海洋科技进步特等奖、一等奖、二等奖，教育部技术发明二等奖，上海市科技进步三等奖等。特别是以交大为唯一技术支撑单位，与上海市水务局联合制定了上海市《饮用水水质标准》DB 31/T 1091-2018，是国内第一部地方性饮用水水质标准，其先进性和可行性促成了上海市供水行业技术进步的快速发展和饮用水水质的有效提升，为上海市国际大都市建设和上海市2035城市规划落实做出了积极贡献。
白晓慧老师始终践行“四有”教师标准，其师德师风受到师生好评，诠释了“教书育人奖”倡导的“全员育人、全课程育人”理念。